Ген SLC22A11

Локализация:

• Хромосома 11q13.1, NC_000011.10: 64555941-64572875 (сборка GRCh38.p14), количество экзонов - 10.

Экспрессия:

• Высокая экспрессия в плаценте (RPKM 19.0) и почках (RPKM 17.4), данные доступны в (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/?context=gene&acc=55867).

Клоны:

• MGC34282

Транскрипты и белки:

Изоформа 1:

• NM_018484.4 → NP_060954.1, 523 аминокислоты, (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/CCDS/CcdsBrowse.cgi?REQUEST=CCDS&GO=MainBrowse&DATA=CCDS8074.1)

Изоформа 2:

• NM_001307985.2 → NP_001294914.1, укороченная, (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/CCDS/CcdsBrowse.cgi?REQUEST=CCDS&GO=MainBrowse&DATA=CCDS76425.1)

Изоформа X1:

• XM_011545167.2 → XP_011543469.1, T2T-CHM13v2.0

UniProtKB:

• Q9NSA0 (основной), также A8K426, Q53GR2, Q6ZP72, Q8NBU4; TrEMBL: A6NCG2

Процессы по Gene Ontology:

• Транспорт неорганических анионов (IEA), транспорт моноатомных ионов (IEA), транспорт органических анионов (IBA, IDA, (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/10660625/), (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15291761/), транспорт простагландинов (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/11907186/), метаболизм мочевой кислоты (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/19503597/), трансмембранный транспорт (IEA).

Компоненты по Gene Ontology:

• Апикальная плазматическая мембрана (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15037815/), базальная плазматическая мембрана (IEA), внешняя сторона плазматической мембраны (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15102942/), экстрацеллюлярный экзосом (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/19056867/), мембрана (IEA), плазматическая мембрана (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/10660625/).

Фенотипы:

• Связан с концентрациями мочевой кислоты в сыворотке, подагрой, факторами риска сердечно-сосудистых заболеваний, ожирением у детей в латиноамериканской популяции, данные доступны в EBI GWAS Catalog.

Связанные исследования  

• Исследования гена SLC22A11 охватывают его роль в транспорте органических анионов, генетические вариации и их влияние на здоровье.

Ключевые публикации:  

1. Идентификация и характеризация SNPs гена SLC22A11 у корейских женщин с остеопорозом:

Опубликовано:

• Molecules and Cells, Том 25, Выпуск 2, Апрель 2008, Страницы 265-271  

DOI:

https://doi.org/10.1016/S1016-8478(23)17580-7

• Исследование включало 50 здоровых женщин и 50 с остеопорозом, где использовались GC-clamp PCR и электрофорез в градиенте денатурации (DGGE).
• Были выявлены три SNPs: C483A, G832A (в группе с остеопорозом) и C847T (в контрольной группе).
• SNP G832A является несинонимичным (nsSNP), изменяющим 278-ю аминокислоту с глутаминовой кислоты на лизин (E278K).
• Функциональные тесты показали снижение поглощения [3H] эстрона-сульфата у мутанта E278K по сравнению с дикого типа: Km для дикого типа 0.7 пМ, Vmax 1.8 пмоль/ооцит/ч; для E278K: Km 1.2 пМ, Vmax 0.47 пмоль/ооцит/ч.

Заключение:

• Варианты hOAT4 могут вызывать индивидуальные различия в поглощении анионных лекарств и использоваться как маркеры, включая остеопороз.

Ключевые слова:

• DGGE, эстрон-сульфат, GC-clamp, hOAT4, остеопороз, полиморфизм.

2. Новый механизм действия SLC22A11:

• Встраивание эстрона-сульфата в мембрану по сравнению с транслокацией мочевой кислоты и глутамата

Опубликовано:

• Biochemical Pharmacology, Том 128, Страницы 74-82, 15 Марта 2017

DOI:

https://doi.org/10.1016/j.bcp.2016.12.020

• Исследование сосредоточено на механизмах транспорта эстрона-сульфата (E3S) и мочевой кислоты (UA) через SLC22A11.

Основные выводы:

• Транспорт E3S в 20 раз быстрее, чем UA.
• Высвобождение глутамата (Glu) подавляется экстрацеллюлярным E3S, но не UA.
• Высвобождение E3S стимулируется дегидроэпиандростерон-сульфатом (DHEAS), но не UA или 6-карбоксифлуоресцеином (6CF).
• Накопление E3S в равновесии увеличивается в 3 раза при замене хлорида на глюконат, в то время как для UA эффект обратный.
• Поглощение E3S гиперболическое, что указывает на встраивание в плазматическую мембрану, в отличие от линейного поглощения UA и 6CF.
• Экспрессия SLC22A11 обнаружена в почках и плаценте (северный блот), белок локализован в апикальной мембране проксимальных канальцев и базолатеральной мембране синцитиотрофобласта. Связан с уровнями UA в сыворотке по данным геномно-ассоциативных исследований.

Эффективность транспорта:

• Поглощение E3S и DHEAS в ооцитах Xenopus увеличено приблизительно в 10 раз, K_m = 1 мкМ для E3S, 0.6 мкМ для DHEAS.
• Для UA увеличение в 5 раз в ооцитах, в 293 клетках в 1.7 раза, специфическая клиренсность = 0.013 мкл мин⁻¹ мг белка⁻¹.

Сравнение с другими субстратами:

• E3S (M_r = 349, log P = 3.1) больше и гидрофобнее, чем типичные субстраты SLC22, такие как UA (M_r = 167). Указано 18 других транспортеров, транспортирующих E3S (Таблица 1 в статье).

Финансирование:

• Университетская больница Кёльна, конфликты интересов отсутствуют.

Дополнительные ресурсы и базы данных

Другие источники информации о гене SLC22A11:

Harmonizome:

• Предоставляет функциональные ассоциации для SLC22A11 из 74 наборов данных, охватывая 8 категорий, таких как молекулярный профиль, заболевания, фенотипы (https://maayanlab.cloud/Harmonizome/gene/SLC22A11).

PubChem:

• Содержит информацию о генетической мишени, включая связанные заболевания и соединения, протестированные в биоанализах (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/gene/55867).

GeneCards:

• Хотя один из результатов касался SLC22A18, GeneCards обычно предоставляет полную информацию о генах, включая SLC22A11.

Genetics Home Reference (NIH):

• Предоставляет обзор генов, но результат был для SLC22A18, что требует уточнения для SLC22A11.

Для поиска дополнительных исследований рекомендуется использовать PubMed, введя запрос "SLC22A11" или "OAT4" (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=SLC22A11).

Таблица ключевых характеристики гена SLC22A11:

Заключение

Ген SLC22A11 - играет важную роль в транспорте органических анионов, с акцентом на почки и плаценту.

Исследования показывают его связь с уровнями мочевой кислоты, подагрой и потенциальными маркерами, такими как SNPs для остеопороза.

Разные механизмы транспорта, такие как для E3S и UA, подчеркивают сложность его функций, требующую дальнейших исследований.

Доступные базы данных, такие как NCBI, PubChem и Harmonizome, предоставляют обширную информацию для углубленного анализа.

Ключевые цитирования

•  (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/55867)
•  (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/gene/55867)
•  (https://maayanlab.cloud/Harmonizome/gene/SLC22A11)