Ген SLC22A6

Ген SLC22A6 (Solute Carrier Family 22 Member 6) - Кодирует белок, который помогает транспортировать органические анионы, такие как лекарства (например, антибиотики, антивирусные препараты) и токсины (например, охратоксин A).

Белок, кодируемый геном, участвует в натрий-зависимом транспорте и выведении органических анионов, некоторые из которых могут быть токсичными, таких как охратоксин A и ртуть.

Ген SLC22A6 расположен на хромосоме 11q12.3 и имеет тип "кодирующий белок" и экспрессируется преимущественно в почках, с уровнем экспрессии, измеряемым как RPKM 150.9, что указывает на его высокую активность в этом органе.

Ген SLC22A6 также известен как OAT1, особенно активен в почках и, вероятно, находится на базолатеральной мембране клеток.

Связанные исследования

• Исследования, такие как статья в Journal of Human Genetics (2006), изучили полиморфизмы в регуляторных регионах SLC22A6, выявив области, которые могут влиять на его работу, что важно для понимания, как ген влияет на индивидуальную реакцию на лекарства.
• Также базы данных, такие как Harmonizome, содержат тысячи ассоциаций, показывая, как ген связан с различными биологическими процессами.

Отчет:

• Подробное описание и исследования гена SLC22A6

Подробное описание гена SLC22A6

• Белок OAT1 является интегральным мембранным белком, вероятно, локализованным на базолатеральной мембране клеток почечных канальцев.
  
• Существует четыре варианта транскриптов (NM_004790.5, NM_153276.3, NM_153277.3, NM_153278.3), которые кодируют четыре изоформы белка с различной длиной аминокислотных цепей (563, 536, 486 и 486 аминокислот соответственно).
• Функционально, ген участвует в ряде процессов, включая транспорт органических анионов, простагландинов и кетоглутарата, а также в секреции в почечных канальцах.
• Связан с такими функциями, как активность транспортера органических анионов (IDA, PubMed:9950961, 10049739, 11907186, 14675047, 16024787, 22108572, 23832370, 26377792, 28534121), активность антипортера (IDA, PubMed:9950961) и связывание хлорид-ионов (IEA).
• Компоненты, где локализуется белок, включают базальную и базолатеральную плазматическую мембрану, кавеолы и экзосомы (HDA, PubMed:19056867), что подтверждается онтологией генов (GO), где указаны процессы, такие как метанефрическое развитие проксимальных канальцев (IEA) и транспорт ксенобиотиков (IEA).

Таблица ниже суммирует ключевые характеристики гена:

Связанные исследования и материалы

• Исследования гена SLC22A6 охватывают его роль в транспорте лекарств и токсинов, а также генетическую вариабельность, которая может влиять на индивидуальную реакцию на терапию.

Ключевые направления исследований:

1. Полиморфизмы и регуляторные регионы:

• Исследование, опубликованное в Journal of Human Genetics в 2006 году, сосредоточилось на анализе полиморфизмов в 5'-регуляторных регионах SLC22A6 и SLC22A8.
• Были идентифицированы три консервативных региона (PFi1 на -239 bp, PFi2 на -3700 bp, PFi3 на -7600 bp от стартового сайта транскрипции), используя филогенетический отпечаток.
• Один SNP был обнаружен в PFi2 (-3655 bp, A>G), с частотой минорного аллеля 0,07 у жителей Тихоокеанских островов и 0,005 в общей выборке 96 индивидов (192 аллеля).
• Нуклеотидная дивергенция в регуляторном регионе составила 0,006, что ниже, чем у SLC22A8 (0,012), указывая на высокую консервацию, что исследование подчеркивает, что полиморфизмы могут влиять на обработку лекарств, таких как НПВС, антибиотики, антивирусные препараты (например, адефовир, цидофовир), антигипертензивные средства, диуретики и метотрексат, а также на восприимчивость к токсинам, таким как охратоксин A и ртуть.
• Исследование также отмечает функциональную избыточность с SLC22A8, что может усиливать влияние полиморфизмов на транспорт органических анионов.
• Авторы предлагают анализировать эти полиморфизмы в клинических популяциях для корреляции с обработкой лекарств и токсичностью.

2. Функциональные ассоциации и базы данных:

• База данных Harmonizome предоставляет 3198 функциональных ассоциаций для SLC22A6, охватывающих 8 категорий, включая молекулярные профили, организмы, химические вещества, функциональные термины, заболевания, фенотипы, структурные особенности, линии клеток, типы клеток или тканей, гены, белки и микроРНК, извлеченных из 84 наборов данных.
• 3198 функциональных ассоциаций включают предсказанные функции, коэкспрессированные гены и профили экспрессии в тканях и клеточных линиях, что делает Harmonizome ценным ресурсом для дальнейших исследований.
• Ссылки на предсказанные функции (https://maayanlab.cloud/archs4/gene/SLC22A6) и коэкспрессированные гены (https://maayanlab.cloud/archs4/gene/SLC22A6#correlation).

3. Роль в транспорте лекарств и токсичности:

• Другие исследования, такие как статья в Systems Biology Analysis Reveals Eight SLC22 Transporter Subgroups, Including OATs, OCTs, and OCTNs (PMC, 2020), показывают, что SLC22A6 (OAT1) связан с более чем 100 уникальными лекарствами, что подчеркивает его роль как "транспортёра лекарств", что подтверждает, что SLC22A6 взаимодействует с множеством метаболитов и эндогенных соединений, что важно для понимания его роли в метаболических путях.

4. Аннотации и ортологи:

• База данных AceView предоставляет всестороннюю аннотацию SLC22A6, включая его размер (8,43 кб на обратной цепи хромосомы 11), альтернативные названия (OAT1, PAHT, HOAT1, ROAT1, FLJ55736, MGC45260, LOC9356) и гомологи в других видах, таких как Slc22a6 у мышей (e=4 10-81 по BlastP).
• Rat Genome Database и Mouse Genome Informatics также содержат информацию об ортологах, включая фенотипы, последовательности и экспрессию, что полезно для сравнительной генетики.

Клиническое и научное значение

• Исследования показывают, что SLC22A6 играет ключевую роль в почечной экскреции лекарств и токсинов, что делает его важным для фармакогенетики.
• Мышиные исследования с нокаутом гена (Sweet et al., 2002) показали, что SLC22A6, вместе с SLC22A8, объясняет большую часть экскреции органических анионов, таких как пара-аминогиппурат (PAH), эстронсульфат и таурохолат, что  подчеркивает его потенциальное значение для разработки персонализированных подходов к лечению, особенно в контексте индивидуальной вариабельности в обработке лекарств и токсичности.  

Таблица ключевых исследований:

Доступные ресурсы для дальнейших исследований

Дополнительные ресурсы:  

• Официальная информация о гене доступна в (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?Cmd=DetailsSearch&Term=9356), где представлены транскрипты, изоформы и онтология генов.
• Предсказанные функции и коэкспрессия доступны в (https://maayanlab.cloud/archs4/gene/SLC22A6).
• Аннотации и гомологи можно найти в (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ieb/research/acembly/av.cgi?db=human&c=gene&a=fiche&l=SLC22A6).

Заключение

Ген SLC22A6 - играет важную роль в транспорте органических анионов, особенно в почках, и его полиморфизмы могут влиять на индивидуальную реакцию на лекарства и токсины.

Исследования, такие как анализ регуляторных регионов и функциональные ассоциации, подчеркивают его значение в фармакогенетике и медицине.

Доступные базы данных, такие как NCBI Gene, Harmonizome и AceView, предоставляют обширные материалы для дальнейших исследований.

Ключевые цитирования

• (https://www.nature.com/articles/jhg200687)
• (http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/gene/SLC22A6)
• (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ieb/research/acembly/av.cgi?db=human&c=gene&a=fiche&l=SLC22A6)
• (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?Cmd=DetailsSearch&Term=9356)
• (https://maayanlab.cloud/archs4/gene/SLC22A6)