Ген SLC22A6

Ген SLC22A6 (Solute Carrier Family 22 Member 6) - Кодирует белок, играющий ключевую роль в транспорте органических анионов в организме человека.

Ниже представлено подробное описание гена и обзор связанных с ним исследований, основанный на доступных научных данных на апрель 2025 года.

1. Подробное описание гена SLC22A6

Ген SLC22A6 расположен на хромосоме 11q12.3 и имеет тип "кодирующий белок".

Он экспрессируется преимущественно в почках, с уровнем экспрессии, измеряемым как RPKM 150.9, что указывает на его высокую активность в этом органе.

Белок, кодируемый геном, участвует в натрий-зависимом транспорте и выведении органических анионов, некоторые из которых могут быть токсичными, включая охратоксин A и ртуть.

Ген SLC22A6 является интегральным мембранным белком, вероятно, локализованным на базолатеральной мембране клеток почечных канальцев.

Существует четыре варианта транскриптов (NM_004790.5, NM_153276.3, NM_153277.3, NM_153278.3), которые кодируют четыре изоформы белка с различной длиной аминокислотных цепей (563, 536, 486 и 486 аминокислот соответственно).

Функционально, ген участвует в ряде процессов, включая транспорт органических анионов, простагландинов и кетоглутарата, а также в секреции в почечных канальцах.

Он связан с такими функциями, как активность транспортера органических анионов (IDA, PubMed:9950961, 10049739, 11907186, 14675047, 16024787, 22108572, 23832370, 26377792, 28534121), активность антипортера (IDA, PubMed:9950961) и связывание хлорид-ионов (IEA).

Компоненты, где локализуется белок, включают базальную и базолатеральную плазматическую мембрану, кавеолы и экзосомы (HDA, PubMed:19056867).

Эти данные подтверждаются онтологией генов (GO), где указаны процессы, включая метанефрическое развитие проксимальных канальцев (IEA) и транспорт ксенобиотиков (IEA).

Таблица ниже суммирует ключевые характеристики гена:

Категория	Детали
Официальный символ	SLC22A6
Полное название	solute carrier family 22 member 6
Тип гена	Кодирующий белок
Локализация	Хромосома 11q12.3, 10 экзонов
Экспрессия	Высокая в почках (RPKM 150.9)
Функции	Транспорт органических анионов, простагландинов и др.
Процессы	Органический анионный транспорт, секреция в почечных канальцах
Компоненты	Базальная и базолатеральная мембрана, кавеолы

2. Связанные исследования и материалы

Исследования гена SLC22A6 охватывают его роль в транспорте лекарств и токсинов, а также генетическую вариабельность, которая может влиять на индивидуальную реакцию на терапию.

Ниже приведены ключевые направления исследований:

Полиморфизмы и регуляторные регионы:

Исследование, опубликованное в Journal of Human Genetics в 2006 году, сосредоточилось на анализе полиморфизмов в 5'-регуляторных регионах SLC22A6 и SLC22A8.
Были идентифицированы три консервативных региона (PFi1 на -239 bp, PFi2 на -3700 bp, PFi3 на -7600 bp от стартового сайта транскрипции), используя филогенетический отпечаток.
Один SNP был обнаружен в PFi2 (-3655 bp, A>G), с частотой минорного аллеля 0,07 у жителей Тихоокеанских островов и 0,005 в общей выборке 96 индивидов (192 аллеля).
Нуклеотидная дивергенция в регуляторном регионе составила 0,006, что ниже, чем у SLC22A8 (0,012), указывая на высокую консервацию.
Исследование подчеркивает, что полиморфизмы могут влиять на обработку лекарств, включая НПВС, антибиотики, антивирусные препараты (включая адефовир, цидофовир), антигипертензивные средства, диуретики и метотрексат, а также на восприимчивость к токсинам, включая охратоксин A и ртуть.
Исследование также отмечает функциональную избыточность с SLC22A8, что может усиливать влияние полиморфизмов на транспорт органических анионов.
Авторы предлагают анализировать эти полиморфизмы в клинических популяциях для корреляции с обработкой лекарств и токсичностью.

Функциональные ассоциации и базы данных:

База данных Harmonizome предоставляет 3198 функциональных ассоциаций для SLC22A6, охватывающих 8 категорий, включая молекулярные профили, организмы, химические вещества, функциональные термины, заболевания, фенотипы, структурные особенности, линии клеток, типы клеток или тканей, гены, белки и микроРНК, извлеченных из 84 наборов данных.
Эти ассоциации включают предсказанные функции, коэкспрессированные гены и профили экспрессии в тканях и клеточных линиях, что делает Harmonizome ценным ресурсом для дальнейших исследований.
Доступны ссылки на предсказанные функции (Predicted Functions for SLC22A6) и коэкспрессированные гены (Co-expressed Genes for SLC22A6).

Роль в транспорте лекарств и токсичности:

Исследования, включая статью в Systems Biology Analysis Reveals Eight SLC22 Transporter Subgroups, Including OATs, OCTs, and OCTNs (PMC, 2020), показывают, что SLC22A6 (OAT1) связан с более чем 100 уникальными лекарствами, что подчеркивает его роль как "транспортёра лекарств".
Ген SLC22A6 взаимодействует с множеством метаболитов и эндогенных соединений, что важно для понимания его роли в метаболических путях.

Аннотации и ортологи:

База данных AceView предоставляет всестороннюю аннотацию SLC22A6, включая его размер (8,43 кб на обратной цепи хромосомы 11), альтернативные названия (OAT1, PAHT, HOAT1, ROAT1, FLJ55736, MGC45260, LOC9356) и гомологи в других видах, включая Slc22a6 у мышей (e=4 10-81 по BlastP).
Rat Genome Database и Mouse Genome Informatics также содержат информацию об ортологах, включая фенотипы, последовательности и экспрессию, что полезно для сравнительной генетики.

3. Клиническое и научное значение

Исследования показывают, что SLC22A6 играет ключевую роль в почечной экскреции лекарств и токсинов, что делает его важным для фармакогенетики.

Мышиные исследования с нокаутом гена (Sweet et al., 2002) показали, что SLC22A6, вместе с SLC22A8, объясняет большую часть экскреции органических анионов, включая пара-аминогиппурат (PAH), эстронсульфат и таурохолат.

Ген SLC22A6 подчеркивает его потенциальное значение для разработки персонализированных подходов к лечению, особенно в контексте индивидуальной вариабельности в обработке лекарств и токсичности.

Таблица ниже суммирует ключевые исследования:

Исследование	Тема	Ключевые результаты
Journal of Human Genetics (2006)	Полиморфизмы в 5'-регионах	Идентифицированы консервативные регионы, один SNP, низкая дивергенция
Harmonizome	Функциональные ассоциации	3198 ассоциаций, включая профили экспрессии и коэкспрессию
Systems Biology Analysis (PMC, 2020)	Роль в транспорте лекарств	Связан с более чем 100 лекарствами, важность для метаболизма
AceView	Аннотация и ортологи	Подробная аннотация, гомологи у мышей и C. elegans

4. Доступные ресурсы для дальнейших исследований

Для получения дополнительной информации пользователи могут обратиться к следующим ресурсам:

Официальная информация о гене доступна в NCBI Gene, где представлены транскрипты, изоформы и онтология генов.

Предсказанные функции и коэкспрессия доступны в Archs4 for SLC22A6.

Аннотации и гомологи можно найти в AceView for SLC22A6.

Заключение

Ген SLC22A6 играет важную роль в транспорте органических анионов, особенно в почках, и его полиморфизмы могут влиять на индивидуальную реакцию на лекарства и токсины.

Исследования, включая анализ регуляторных регионов и функциональные ассоциации, подчеркивают его значение в фармакогенетике и медицине.

Доступные базы данных, включая NCBI Gene, Harmonizome и AceView, предоставляют обширные материалы для дальнейших исследований.

Ключевые цитирования