Ген SLC26A10
Ген SLC26A10 (Solute Carrier Family 26 Member 10) - Является псевдогеном в человеческом геноме и не кодирует функциональный белок.
Псевдоген SLC26A10P не выполняет биологических функций, таких как транспорт анионов, характерный для других генов семейства SLC26.
1. Введение
- Ген SLC26A10 принадлежит к семейству генов SLC26, которые обычно кодируют белки-транспортеры анионов, участвующие в обмене ионов, включая сульфат, хлорид и бикарбонат.
- В человеческом геноме псевдоген SLC26A10P представляет собой секцию ДНК, напоминающую ген, но не кодирующую функциональный белок из-за накопленных мутаций.
2. Описание гена SLC26A10 в человеке
- Псевдоген SLC26A10P, также известный как SLC26A10, расположен на хромосоме 12q13.3 с координатами NC_000012.12 (57619527..57626151) (GeneCards).
- Псевдоген SLC26A10P имеет статус VALIDATED в базе RefSeq, что подтверждает проверку его последовательности.
- Псевдоген SLC26A10P не кодирует функциональный белок, в отличие от других членов семейства SLC26, участвующих в транспорте анионов, таких как хлорид, сульфат и бикарбонат.
- Экспрессия РНК псевдогена SLC26A10P обнаружена в тканях, включая мозг (RPKM 4.8) и эндометрий (RPKM 3.5), но без синтеза белка.
- Подавление экспрессии псевдогена SLC26A10P может усиливать раннюю репликацию ВИЧ-1, что указывает на возможные регуляторные роли (PubMed).
- Геновая онтология включает термины, такие как активность антипортера (GO:0015297) и транспорт бикарбоната (GO:0015701), но с низким уровнем доказательств, отражающим неактивность псевдогена SLC26A10P.
- Последовательности РНК псевдогена SLC26A10P доступны в двух вариантах RefSeq: NR_166678.1 и NR_166679.1.
3. Описание функционального ортолога у мышей
- У мышей ген Slc26a10 является функциональным и кодирует белок, участвующий в транспорте анионов (Mouse Genome Informatics).
- Ген Slc26a10 расположен на хромосоме 10 D3 с координатами NC_000076.7 (127007262..127016690, комплементарный) и содержит 16 экзонов.
- Экспрессия гена Slc26a10 наблюдается в тканях мышей, с наивысшими уровнями в желудке (RPKM 26.4) и сердце (RPKM 13.4).
- Ген Slc26a10 участвует в транспорте неорганических и органических анионов, включая хлорид и сульфат, через плазматическую мембрану.
- Геновая онтология гена Slc26a10 включает активности антипортера (GO:0015297), транспорта хлорида (GO:0015108), сульфата (GO:0015116) и оксалата (GO:0019531).
- Ген Slc26a10 у мышей является ортологом человеческого псевдогена SLC26A10P, что указывает на эволюционные различия.
4. Связанные исследования
Обзоры семейства SLC26:
- Статья «Renal physiology of SLC26 anion exchangers» отмечает, что псевдоген SLC26A10P неактивен в человеческом геноме, в отличие от функциональных генов семейства, таких как SLC26A1 и SLC26A6 (ResearchGate).
Функции в других организмах:
- Исследование «Molecular Characterization and RNA Interference Analysis of SLC26A10 From Nilaparvata lugens» демонстрирует, что ген SLC26A10 у коричневого плантохоботка важен для репродукции, включая развитие яичников и производство яиц (Frontiers).
- Подавление экспрессии гена SLC26A10 у насекомых с помощью RNAi снижает уровень ювенильного гормона и вителлогенина, подчеркивая его репродуктивную роль.
Эволюционный аспект:
- Обзор на ScienceDirect указывает, что псевдоген SLC26A10P стал неактивным в человеческом геноме из-за накопления мутаций, в то время как у мышей и других млекопитающих ген Slc26a10 остается функциональным (ScienceDirect).
- Различия в функциональности гена SLC26A10 между видами отражают разные эволюционные траектории.
5. Сравнение SLC26A10 в человеке и мыши
| Характеристика | Человек (SLC26A10P) | Мышь (Slc26a10) |
|---|---|---|
| Тип гена | Псевдоген | Кодирующий белок |
| Функциональность | Неактивен, не кодирует белок | Активен, участвует в транспорте анионов |
| Локализация | Хромосома 12q13.3 | Хромосома 10 D3 |
| Экспрессия | РНК, без белка | Высокая, в желудке, сердце и др. |
| Предполагаемые функции | Нет, псевдоген | Транспорт хлорида, сульфата и др. |
| Ортолог | - | Человеческий SLC26A10P (псевдоген) |
6. Ресурсы для дальнейшего изучения
Базы данных:
- GeneCards - Подробная информация о псевдогене SLC26A10P.
- NCBI Gene - Данные о псевдогене SLC26A10P, включая локализацию и последовательности.
- Ensembl - Геномные данные псевдогена SLC26A10P.
- AllianceGenome - Информация о псевдогене SLC26A10P и его ортологах.
- Mouse Genome Informatics - Данные о функциональном гене Slc26a10 у мышей.
Журналы и публикации:
- PubMed, 2007 - Обзор физиологии SLC26, упоминая псевдоген SLC26A10P.
- Frontiers in Physiology, 2022 - Роль гена SLC26A10 в репродукции у коричневого плантохоботка.
- ScienceDirect - Эволюционные аспекты псевдогена SLC26A10P.
- PubMed, 2011 - Связь псевдогена SLC26A10P с репликацией ВИЧ-1.
- PubMed - Поиск по ключевому слову “SLC26A10” для актуальных статей (PubMed).
Заключение
Ген SLC26A10 в человеческом геноме является псевдогеном и не выполняет биологических функций, в отличие от его функциональных ортологов у мышей и насекомых, где он участвует в транспорте анионов и репродукции.
Прямых исследований псевдогена SLC26A10P у людей мало, но он упоминается в контексте эволюции и семейства SLC26.
Для более глубокого анализа рекомендуется использовать базы данных, включая NCBI Gene и GeneCards, а также изучать функциональные ортологи в других видах.