Ген SLC27A2

Ген SLC27A2 (Solute Carrier Family 27 Member 2) - Кодирует белок FATP2, участвующий в транспорте и активации жирных кислот.

Белок SLC27A2 играет ключевую роль в метаболизме липидов, обеспечивая захват и метаболизм длинноцепочечных и очень длинноцепочечных жирных кислот.

1. Общая информация о гене SLC27A2

Ген SLC27A2 расположен на хромосоме 15q21.2 у человека (NCBI Gene).
Ген SLC27A2 состоит из нескольких экзонов, кодирующих белок с изоформами за счет альтернативного сплайсинга, с полной длиной транскрипта около 3,2 т.п.н. (Sino Biological).
Белок SLC27A2 (FATP2) активирует длинноцепочечные, разветвленные и очень длинноцепочечные жирные кислоты, превращая их в ацил-КоА для биосинтеза липидов и деградации.
Ген SLC27A2 высоко консервативен среди видов, включая шимпанзе, мышь, курицу и рыбу данио-рерио, с ортологами у 178 организмов.

2. Функции белка SLC27A2

Белок SLC27A2 облегчает захват экзогенных жирных кислот через клеточную мембрану, особенно в клетках печени и почек (GeneCards).
Белок SLC27A2 обладает активностью лигазы жирных кислот, превращая свободные жирные кислоты в ацил-КоА для β-окисления и синтеза липидов.
Белок SLC27A2 локализуется в эндоплазматическом ретикулуме, пероксисомах и плазматической мембране, но отсутствует в митохондриях.
Ген SLC27A2 участвует в метаболизме жирных кислот, желчных кислот, альфа-окислении, деградации фитановой кислоты и сигнальном пути PPARγ.

3. Экспрессия гена

Ген SLC27A2 преимущественно экспрессируется в печени и почках, где участвует в метаболизме жирных кислот (GTEx Portal).
Экспрессия гена SLC27A2 выявлена в плаценте, особенно в синцитиотрофобластах, и коррелирует с материнским индексом массы тела (Creative Biolabs).
Экспрессия гена SLC27A2 может изменяться при ожирении или онкологических заболеваниях.
Данные GTEx показывают тканеспецифическую экспрессию гена SLC27A2 в 53 типах тканей, с акцентом на печень и почки.

4. Связанные заболевания

Ген SLC27A2 ассоциирован с Х-сцепленной адренолейкодистрофией (X-ALD) из-за снижения пероксисомальной активности, приводящего к накоплению очень длинноцепочечных жирных кислот (Sino Biological).
В гематологических опухолях (DLBCL, AML, ALL) высокая экспрессия гена SLC27A2 коррелирует с иммунной инфильтрацией и регулирует клеточный цикл, но в ALL связана с плохим прогнозом (BMC Medical Genomics).
В раке молочной железы ген SLC27A2 включен в прогностическую модель риска, влияя на метаболизм нуклеотидов и пролиферацию клеток (Springer).
Ген SLC27A2 способствует накоплению триглицеридов в желчном пузыре, связанном с холецистолитиазом (Creative Biolabs).
Сниженная экспрессия гена SLC27A2 в стволовых клетках рака легкого связана с резистентностью к цисплатину.
Ген SLC27A2 связан с синдромом Блума, колоректальным раком и фиброзом по данным ортологов (Rat Genome Database).

5. Исследовательские материалы и методы изучения

Геномные и транскриптомные данные:

База NCBI Gene предоставляет информацию о последовательности, ортологах и транскриптах гена SLC27A2 (NCBI Gene).
Ensembl содержит данные о геномной локализации и вариантах сплайсинга гена SLC27A2 (ENSG00000140284) (Ensembl).
TCGA и TARGET используются для анализа экспрессии гена SLC27A2 в онкологических данных (PMC).
GTEx Portal предоставляет данные о тканеспецифической экспрессии гена SLC27A2 (GTEx Portal).
The Human Protein Atlas содержит информацию об экспрессии белка SLC27A2 в нормальных и раковых тканях (Human Protein Atlas).

Экспериментальные подходы:

Клеточная линия Jurkat (ALL) используется для нокдауна гена SLC27A2 с помощью лентивирусных shRNA для изучения пролиферации и сигнальных путей (PMC).
Клеточная линия HMy2.CIR применяется для сравнительного анализа экспрессии гена SLC27A2.
Методы CRISPR/Cas9, shRNA и siRNA используются для нокаута или подавления экспрессии гена SLC27A2 (GeneCards).
qPCR и Western-блоттинг применяются для анализа экспрессии мРНК и белка SLC27A2 с использованием антител от Santa Cruz Biotechnology и Cell Signaling Technology.
Функциональные анализы включают исследования клеточного цикла, апоптоза и пролиферации с использованием CCK-8 и проточной цитометрии.

Модели животных:

Мышиные модели с нокаутом гена SLC27A2 доступны через Cyagen Biosciences и IMPC, гомозиготные мутанты жизнеспособны без грубых аномалий (IMPC).
Данные по ортологу Slc27a2 у крыс доступны в Rat Genome Database (Rat Genome Database).

Биоинформатический анализ:

GO и KEGG обогащение связывают ген SLC27A2 с метаболизмом жирных кислот, липидным катаболизмом и оксидоредуктазной активностью (BMC Medical Genomics).
PPI-сети, построенные с использованием STRING и Cytoscape, идентифицируют ген SLC27A2 как центральный узел в метаболизме жирных кислот.
GSEA показывает, что высокая экспрессия гена SLC27A2 связана с путями клеточного цикла и иммунного ответа в DLBCL, а низкая — с иммунными путями в AML.

Клинические исследования:

В DLBCL и AML ген SLC27A2 считается защитным фактором, улучшающим клинические исходы (PMC).
В ALL высокая экспрессия гена SLC27A2 ассоциирована с плохим прогнозом и усилением пролиферации клеток.
В раке молочной железы ген SLC27A2 включен в прогностическую модель риска на основе метаболизма нуклеотидов.
Ген SLC27A2 коррелирует с иммунной инфильтрацией (T-клетки, макрофаги, нейтрофилы) в зависимости от типа опухоли.

Публикации и ресурсы:

Wang et al. (2024) исследовали роль гена SLC27A2 в DLBCL и AML, включая анализ иммунной микросреды (BMC Medical Genomics).
Zhang et al. (2024) описали ген SLC27A2 как прогностический маркер в раке молочной железы (Springer).
Su et al. (2015) связали снижение экспрессии гена SLC27A2 с резистентностью к цисплатину в раке легкого (Creative Biolabs).
Lager et al. (2016) изучили экспрессию гена SLC27A2 в плаценте при материнском ожирении.
Black et al. (2016) описали ингибитор Grassofermata как средство для лечения липотоксических заболеваний.

6. Ограничения исследований

Ретроспективные данные из публичных баз ограничивают полноту клинических параметров (PMC).
Гетерогенность опухолей в DLBCL ограничивает исследования подтипом GCB.
Эксперименты на клеточных линиях могут не полностью отражать клиническую ситуацию из-за отсутствия первичных клеток пациентов (PMC).

7. Перспективы исследований

Ингибиторы транспорта жирных кислот, такие как Grassofermata, могут быть использованы для лечения липотоксических и онкологических заболеваний (Creative Biolabs).
Разработка прогностических моделей на основе экспрессии гена SLC27A2 может улучшить лечение DLBCL, AML, ALL и рака молочной железы.
Необходимы исследования роли гена SLC27A2 в различных подтипах DLBCL и других гематологических опухолей.
Дальнейшее изучение роли гена SLC27A2 в плаценте важно для понимания его влияния на развитие плода при материнском ожирении.

8. Ресурсы для дальнейшего изучения

Базы данных:

NCBI Gene - Информация о последовательности и ортологах гена SLC27A2.
Ensembl - Геномная локализация и варианты сплайсинга гена SLC27A2.
GTEx Portal - Данные о тканеспецифической экспрессии гена SLC27A2.
The Human Protein Atlas - Экспрессия белка SLC27A2 в тканях.
International Mouse Phenotyping Consortium - Данные о мышиных моделях гена SLC27A2.
Rat Genome Database - Информация об ортологе Slc27a2 у крыс.

Журналы и публикации:

BMC Medical Genomics, 2024 - Роль гена SLC27A2 в гематологических опухолях.
Springer, 2024 - Ген SLC27A2 как прогностический маркер в раке молочной железы.
Creative Biolabs - Экспрессия гена SLC27A2 в раке легкого и плаценте.
ResearchGate, 2024 - Биоинформатический анализ гена SLC27A2 в DLBCL.
PubMed - Поиск по ключевому слову “SLC27A2” для актуальных статей (PubMed).

Дополнительные ресурсы:

Sino Biological - Информация о последовательности и функциях белка SLC27A2.
Creative Biolabs - Платформы для исследований мембранных белков SLC27A2.
Abbexa - Антитела и ELISA-наборы для анализа SLC27A2.

Заключение

Ген SLC27A2 играет ключевую роль в метаболизме жирных кислот, транспорте и активации липидов, а также в патологических процессах, включая онкологические и наследственные заболевания.

Его экспрессия и функции активно изучаются в контексте гематологических опухолей, рака молочной железы, холецистолитиаза и X-сцепленной адренолейкодистрофии.

Доступные исследовательские материалы включают геномные базы данных, клеточные линии, антитела, CRISPR- и shRNA-векторы, а также мышиные и крысиные модели.

Несмотря на значительный прогресс, необходимы дальнейшие исследования для уточнения роли гена SLC27A2 в различных подтипах опухолей и разработки таргетных терапий.