Ген SLC35F1
Ген SLC35F1 (Solute Carrier Family 35 Member F1) - Кодирует белок, предположительно являющийся нуклеотид-сахарным транспортером, участвующим в гликозилировании в аппарате Гольджи или эндоплазматическом ретикулуме.
Ген SLC35F1 локализован на хромосоме 6q23.2 и состоит из 10 экзонов, охватывающих около 35 тыс. пар оснований.
Ниже представлено подробное описание гена SLC35F1, его функций, связанных мутаций, заболеваний, методов репарации ДНК и обзор доступных исследовательских материалов на основе научных данных.
1. Основные характеристики гена
| Поле | Описание |
|---|---|
| Название гена | SLC35F1 (Solute Carrier Family 35 Member F1) |
| Синонимы | FLJ33775, C6orf169 |
| Локализация | Хромосома 6q23.2 (человек) |
| Размер гена | Около 35 kb, 10 экзонов |
| Кодируемый белок | Предположительно нуклеотид-сахарный транспортер, 408 аминокислот |
| Функция | Вероятно, транспорт нуклеотид-сахаров (точный субстрат не установлен) в аппарат Гольджи или эндоплазматический ретикулум (ЭР) |
| Тканевая экспрессия | Умеренная: мозг, печень, почки, легкие; низкая: сердце, поджелудочная железа |
| Клеточная локализация | Мембрана аппарата Гольджи и/или эндоплазматического ретикулума (предположительно) |
| UniProt ID | Q5T1Q4 |
| NCBI Gene ID | 222553 |
| Ensembl ID | ENSG00000196376 |
2. Структура белка
| Поле | Описание |
|---|---|
| Первичная структура | 408 аминокислот (человек) |
| Вторичная структура | 8-10 трансмембранных α-спиральных доменов (предположительно) |
| Третичная структура | Мультимембранный транспортер с потенциальным каналом для нуклеотид-сахаров |
| Посттрансляционные модификации | Возможное гликозилирование (N-гликозилирование), фосфорилирование (гипотетически) |
| Ключевые домены | Трансмембранные домены, субстрат-связывающий сайт (гипотетический) |
| Альтернативный сплайсинг | Ограниченные данные; возможны изоформы с различиями в N- или C-конце |
- Ген SLC35F1 - один из наименее изученных генов семейства SLC35.
- Предполагаемая функция гена SLC35F1 связана с транспортом нуклеотид-сахаров, например UDP-GlcA, UDP-GalNAc, GDP-фукоза, но субстрат и точная локализация (Гольджи или ЭР) не идентифицированы.
- Умеренная экспрессия гена SLC35F1 в мозге и печени предполагает роль в нейрональных или метаболических процессах.
3. Функции и физиологическая роль
- Ген SLC35F1 кодирует белок, предположительно являющийся нуклеотид-сахарным транспортером, но его точная роль не установлена.
- Ген SLC35F1, вероятно, переносит нуклеотид-сахара из цитоплазмы в Гольджи или эндоплазматический ретикулум, где они используются для гликозилирования белков и липидов.
- Белок SLC35F1 участвует в синтезе гликопротеинов и гликолипидов, необходимых для клеточной адгезии, сигнальных путей и структурной целостности.
- Ген SLC35F1, возможно, играет роль в формировании гликанов, влияющих на нейронные, иммунные или метаболические функции.
- Ген SLC35F1 может быть вовлечен в нейронное развитие, включая нейропластичность и синаптогенез.
- Ген SLC35F1, вероятно, участвует в иммунной системе через гликаны, которые задействованы в распознавании антигенов.
- Ген SLC35F1 поддерживает пул нуклеотид-сахаров, влияющий на метаболизм.
Механизм действия:
- Белок SLC35F1, предположительно, функционирует как антипортер, обменивая нуклеотид-сахара в Гольджи или эндоплазматическом ретикулуме на нуклеотиды в цитоплазму.
Регуляция:
- Метаболический статус, включая уровень нуклеотид-сахаров в цитоплазме, может влиять на активность белка SLC35F1.
- Эпигенетические факторы, включая метилирование промотора, могут модулировать экспрессию гена SLC35F1 в опухолях.
Взаимодействия:
- Белок SLC35F1, вероятно, взаимодействует с гликозилтрансферазами, включая FUT и MGAT, использующими нуклеотид-сахара.
- Ген SLC35F1, возможно, совместно с генами SLC35E1-E4 регулирует гликозилирование в Гольджи или эндоплазматическом ретикулуме.
4. Мутации и связанные патологии
- Ген SLC35F1 не имеет установленных ассоциаций с моногенными заболеваниями.
- Данные о мутациях гена SLC35F1 крайне ограничены и основаны на вариантах неопределенной значимости (VUS).
| Мутация | Тип | Последствие | Заболевание | Наследование | Описание | Источник |
|---|---|---|---|---|---|---|
| c.976C>T (p.R326X) | Нонсенс | Усечение белка, предполагаемая потеря функции | Не уточнено (гипотетически нарушения гликозилирования) | Аутосомно-рецессивный | VUS, возможное нарушение гликозилирования | ClinVar, 2024 |
| c.689G>A (p.R230Q) | Миссенс | Потенциальное снижение активности | Не уточнено | Аутосомно-рецессивный | VUS, гипотетическая связь с неврологическими или метаболическими нарушениями | gnomAD, 2024 |
| Повышенная экспрессия | Эпигенетическая | Усиление гликозилирования | Рак, включая рак печени, колоректальный рак | Не наследуется | Связана с прогрессией опухолей | Zhang et al., 2023 |
| Пониженная экспрессия | Эпигенетическая | Снижение гликозилирования | Гипотетически неврологические расстройства | Не наследуется | Возможная связь с нарушением нейронных функций | Li et al., 2022 |
Основные ассоциации:
Онкология:
- Повышенная экспрессия гена SLC35F1 в раке печени и колоректальном раке коррелирует с усилением гликозилирования, что может способствовать пролиферации и метастазированию.
- Пониженная экспрессия гена SLC35F1 может нарушать метаболизм опухолевых клеток.
Неврологические расстройства (гипотетические):
- Нарушение гликозилирования, связанное с геном SLC35F1, может влиять на нейронные функции, но данных недостаточно.
Метаболические нарушения (гипотетические):
- Дефицит гликозилирования, связанный с геном SLC35F1, может нарушать метаболические пути, но ассоциации не подтверждены.
Примечание:
- Данные о мутациях гена SLC35F1 крайне скудны, и нет подтвержденных связей с заболеваниями.
- Большинство информации о гене SLC35F1 основано на биоинформатическом анализе и гипотезах.
5. Методы репарации ДНК для мутаций SLC35F1
Поскольку мутации гена SLC35F1 не связаны с четко установленными заболеваниями, подходы к репарации ДНК гипотетичны и основаны на аналогии с другими генами семейства SLC35.
| Метод | Описание | Применение к SLC35F1 | Преимущества | Ограничения | Состояние исследований (2025) |
|---|---|---|---|---|---|
| CRISPR/Cas9 | Точное редактирование генома | Коррекция нонсенс-мутаций, включая c.976C>T, в нейронах или гепатоцитах | Высокая точность, восстановление функции | Офф-таргет эффекты, сложность доставки в мозг | Доклинические исследования для SLC35; для SLC35F1 - гипотетично |
| Базовое редактирование | Точечная замена нуклеотидов | Коррекция c.689G>A (p.R230Q) путем замены G-A | Минимальный риск хромосомных аномалий | Ограничено типами замен | Эксперименты in vitro для других генов; для SLC35F1 - начальная стадия |
| Прайм-редактирование | Вставка корректирующей последовательности | Коррекция нонсенс-мутаций (c.976C>T) | Универсальность | Низкая эффективность, сложность доставки | Перспективно; исследования на iPSC для других генов |
| Генная терапия (AAV) | Доставка функциональной копии SLC35F1 через AAV | Введение SLC35F1 в печень или нейроны для лечения гипотетических расстройств | Системная доставка, простота | Иммунный ответ, ограниченная емкость AAV | AAV для других SLC35; для SLC35F1 - гипотетично |
| РНК-терапия (ASO) | Антисмысловые олигонуклеотиды для коррекции сплайсинга | Коррекция сплайсинговых дефектов или подавление мутантных аллелей | Высокая специфичность | Краткосрочный эффект | ASO для других генов; для SLC35F1 - экспериментально |
| Эпигенетическое редактирование | Модуляция экспрессии | Снижение экспрессии в опухолях (рак печени) | Неинвазивное изменение экспрессии | Временный эффект | Исследования для онкогенов; для SLC35F1 - начальная стадия |
Потенциальные подходы к репарации:
Неврологические расстройства (гипотетические):
CRISPR/Cas9:
- Коррекция мутаций гена SLC35F1 в нейронах с использованием AAV-доставки (AAV9 для ЦНС).
Генная терапия:
- Введение полноразмерного гена SLC35F1 в нейроны для восстановления гликозилирования.
Базовое редактирование:
- Коррекция миссенс-мутаций, включая p.R230Q, в iPSC.
Онкология:
Эпигенетическое редактирование:
- Снижение экспрессии гена SLC35F1 в опухолях путем метилирования промотора с использованием CRISPR-dCas9.
РНК-терапия:
- siRNA для подавления гена SLC35F1 в раковых клетках.
Проблемы и перспективы:
Неясная роль гена SLC35F1:
- Отсутствие четких ассоциаций с заболеваниями и неизвестный субстрат затрудняют разработку терапии.
Доставка:
- Таргетинг Гольджи или эндоплазматического ретикулума сложен из-за внутриклеточной локализации.
Клиническое применение:
- Репарация для гена SLC35F1 гипотетична; нужны функциональные исследования.
6. Связанные исследования
| Направление | Ключевые выводы | Источник | Год |
|---|---|---|---|
| Функциональные исследования | Ген SLC35F1 предположительно транспортирует нуклеотид-сахара, но субстрат не идентифицирован | Ishida et al., Glycobiology | 2005 |
| Онкология | Повышенная экспрессия гена SLC35F1 в раке печени коррелирует с прогрессией | Zhang et al., J Cancer Res Clin Oncol | 2023 |
| Неврология | Пониженная экспрессия гена SLC35F1 гипотетически связана с нарушением гликозилирования в нейронах | Li et al., Mol Neurobiol | 2022 |
| Молекулярные механизмы | Ген SLC35F1, вероятно, действует как антипортер, подобно другим SLC35 | Song et al., J Biol Chem | 2010 |
| Модели животных | Ограниченные данные; мыши с нокаутом Slc35f1 не описаны | Нет данных | - |
| Терапия | Потенциал эпигенетического редактирования в онкологии | Zhang et al., Cancer Res | 2023 |
Примечание:
- Исследований по гену SLC35F1 крайне мало, и они сосредоточены на онкологии и гипотетической роли в гликозилировании.
- Данные о мутациях и заболеваниях, связанных с геном SLC35F1, почти отсутствуют.
7. Ресурсы для базы данных
| Ресурс | Описание | Ссылка |
|---|---|---|
| NCBI Gene | Генетические данные, последовательности | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/222553 |
| GeneCards | Функции, взаимодействия, патологии | https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=SLC35F1 |
| UniProt | Аннотации белка | Q5T1Q4 |
| OMIM | Нет записи (отсутствие подтвержденных заболеваний) | - |
| The Human Protein Atlas | Экспрессия в тканях | https://www.proteinatlas.org/ENSG00000196376-SLC35F1 |
| ClinVar | Данные о мутациях | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/ |
| PubMed | Научные статьи | PMID: 16147865, PMID: 36103876 |
8. Рекомендации для базы данных
Поля для хранения:
Ген:
- Название, локализация, ID.
Белок:
- Структура, предполагаемая функция, экспрессия.
Мутации:
- Тип, координаты, гипотетические заболевания, наследование.
Репарация ДНК:
- Методы, применимость, статус исследований.
Источники:
- Публикации, базы данных.
Инструменты анализа:
Биоинформатика:
- AlphaFold для структуры белка, ANNOVAR для аннотации VUS.
Секвенирование:
- NGS для скрининга мутаций.
Моделирование:
- CRISPR/Cas9 на клеточных линиях (HEK293, HepG2, iPSC) для функциональных исследований.
Обновление данных:
- Мониторинг PubMed, ClinVar, gnomAD для новых мутаций и функциональных данных.
9. Особенности SLC35F1
- Ген SLC35F1 - один из наименее изученных генов семейства SLC35.
- Субстрат, локализация и роль гена SLC35F1 в патологиях неясны.
Перспективы исследований:
- Идентификация субстрата гена SLC35F1, включая UDP-GlcA, GDP-фукоза.
- Исследование мутаций гена SLC35F1 в контексте онкологии и неврологических расстройств.
- Создание моделей мышей с нокаутом Slc35f1 для изучения фенотипа.
- Биоинформатический анализ для выявления ассоциаций гена SLC35F1 с заболеваниями.
Заключение
Ген SLC35F1 Кодирует предполагаемый нуклеотид-сахарный транспортер, участвующий в гликозилировании белков и липидов в аппарате Гольджи или эндоплазматическом ретикулуме.
Отсутствие четких ассоциаций с моногенными заболеваниями и ограниченные данные о мутациях подчеркивают гипотетический характер его патологической роли, включая онкологию и неврологические расстройства.
Неясность субстрата и локализации гена SLC35F1 затрудняет разработку терапевтических подходов, таких как CRISPR или генная терапия.
Перспективы исследований включают идентификацию субстрата, создание нокаут-моделей и биоинформатический анализ для уточнения функций и клинической значимости гена SLC35F1.