Ген SLC35F5
Ген SLC35F5 (Solute Carrier Family 35 Member F5) - Кодирует белок, предположительно являющийся нуклеотид-сахарным транспортером, участвующим в гликозилировании в аппарате Гольджи или эндоплазматическом ретикулуме.
Ген SLC35F5 локализован на хромосоме 2q14.1 и состоит из 10 экзонов, охватывающих около 25 тыс. пар оснований.
1. Основные характеристики гена
| Поле | Описание |
|---|---|
| Название гена | SLC35F5 (Solute Carrier Family 35 Member F5) |
| Синонимы | FLJ11130, KIAA1396 |
| Локализация | Хромосома 2q14.1 (человек) |
| Размер гена | Около 25 kb, 10 экзонов |
| Кодируемый белок | Предположительно нуклеотид-сахарный транспортер, 462 аминокислот |
| Функция | Транспорт нуклеотид-сахаров (точный субстрат не установлен) в аппарат Гольджи или эндоплазматический ретикулум |
| Тканевая экспрессия | Умеренная: печень, почки, легкие, мозг; низкая: сердце, поджелудочная железа, лейкоциты |
| Клеточная локализация | Мембрана аппарата Гольджи и/или эндоплазматического ретикулума (предположительно) |
| UniProt ID | Q8WV83 |
| NCBI Gene ID | 80255 |
| Ensembl ID | ENSG00000139060 |
2. Структура белка
| Поле | Описание |
|---|---|
| Первичная структура | 462 аминокислот (человек) |
| Вторичная структура | 8-10 трансмембранных α-спиральных доменов (предположительно) |
| Третичная структура | Мультимембранный транспортер с потенциальным каналом для нуклеотид-сахаров |
| Посттрансляционные модификации | Возможное гликозилирование (N-гликозилирование), фосфорилирование (гипотетически) |
| Ключевые домены | Трансмембранные домены, субстрат-связывающий сайт (гипотетический) |
| Альтернативный сплайсинг | Ограниченные данные; возможны изоформы с различиями в N- или C-конце |
- Ген SLC35F5 - один из наименее изученных генов семейства SLC35.
- Предполагаемая функция связана с транспортом нуклеотид-сахаров (например, UDP-GlcA, UDP-GalNAc, GDP-фукоза), но субстрат и точная локализация не идентифицированы.
- Умеренная экспрессия в печени, почках и мозге предполагает роль в метаболических или нейрональных процессах.
3. Функции и физиологическая роль
- Ген SLC35F5 кодирует белок, который, вероятно, является нуклеотид-сахарным транспортером, но его точная роль не установлена.
- Ген SLC35F5, предположительно, переносит нуклеотид-сахара из цитоплазмы в Гольджи или эндоплазматический ретикулум для гликозилирования белков и липидов.
- Белок SLC35F5 участвует в синтезе гликопротеинов и гликолипидов, необходимых для клеточной адгезии, сигнальных путей и структурной целостности.
- Ген SLC35F5, вероятно, играет роль в формировании гликанов, влияющих на нейронные, метаболические или иммунные функции.
- Ген SLC35F5, возможно, участвует в нейронном развитии, включая нейропластичность и синаптогенез.
- Ген SLC35F5 поддерживает пул нуклеотид-сахаров в печени и почках для метаболических путей.
- Ген SLC35F5 может играть роль в иммунной системе через гликаны, хотя экспрессия в лейкоцитах низкая.
Механизм действия:
- Белок SLC35F5, предположительно, функционирует как антипортер, обменивая нуклеотид-сахара в Гольджи или эндоплазматическом ретикулуме на нуклеотиды в цитоплазму.
Регуляция:
- Метаболический статус, включая уровень нуклеотид-сахаров в цитоплазме, может влиять на активность белка SLC35F5.
- Эпигенетические факторы, включая метилирование промотора, могут модулировать экспрессию гена SLC35F5 в опухолях.
Взаимодействия:
- Белок SLC35F5, вероятно, взаимодействует с гликозилтрансферазами, использующими нуклеотид-сахара (например, FUT, MGAT).
- Ген SLC35F5, возможно, совместно с генами SLC35F - F4 регулирует гликозилирование, обеспечивая транспорт различных нуклеотид-сахаров.
4. Мутации и связанные патологии
- Ген SLC35F5 не имеет установленных ассоциаций с моногенными заболеваниями.
- Данные о мутациях гена SLC35F5 крайне ограничены и основаны на вариантах неопределенной значимости (VUS).
| Мутация | Тип | Последствие | Заболевание | Наследование | Описание | Источник |
|---|---|---|---|---|---|---|
| c.1087C>T (p.R363X) | Нонненс | Усечение белка, предполагаемая потеря функции | Не уточнено (гипотетически нарушения гликозилирования) | Аутосомно-рецессивный | VUS, возможное нарушение гликозилирования в печени или нейронах | ClinVar, 2024 |
| c.745G>A (p.V249M) | Миссенс | Потенциальное снижение активности | Не уточнено | Аутосомно-рецессивный | VUS, гипотетическая связь с метаболическими или неврологическими нарушениями | gnomAD, 2024 |
| Повышенная экспрессия | Эпигенетическая | Усиление гликозилирования | Рак (например, гепатоцеллюлярная карцинома, рак почки) | Не наследуется | Связана с прогрессией опухолей | Zhang et al., 2023 |
| Пониженная экспрессия | Эпигенетическая | Снижение гликозилирования | Гипотетически неврологические или метаболические расстройства | Не наследуется | Возможная связь с нарушением нейронной функции или метаболизма | Li et al., 2022 |
Основные ассоциации:
Онкология:
- Повышенная экспрессия гена SLC35F5 в гепатоцеллюлярной карциноме и раке почки коррелирует с усилением гликозилирования, что может способствовать пролиферации и метастазированию.
- Пониженная экспрессия может нарушать метаболизм опухолевых клеток.
Неврологические расстройства (гипотетически):
- Нарушение гликозилирования в нейронах может быть связано с неврологическими расстройствами, но данных недостаточно.
Метаболические нарушения (гипотетически):
- Дефицит гликозилирования в печени или почках может нарушать метаболические пути, но ассоциации не подтверждены.
Примечание:
- Данные о мутациях гена SLC35F5 крайне скудны, и нет подтвержденных связей с заболеваниями.
- Основной интерес представляют онкология и гипотетическая роль в метаболизме и нейрональных процессах.
5. Методы репарации ДНК для мутаций SLC35F5
Поскольку мутации гена SLC35F5 не связаны с четко установленными заболеваниями, подходы к репарации ДНК гипотетичны и основаны на аналогии с другими генами семейства SLC35.
| Метод | Описание | Применение к SLC35F5 | Преимущества | Ограничения | Состояние исследований (2025) |
|---|---|---|---|---|---|
| CRISPR/Cas9 | Точное редактирование генома | Коррекция нонсенс-мутаций (например, c.1087C>T) в гепатоцитах или нейронах | Высокая точность, восстановление функции | Офф-таргет эффекты, сложность доставки в мозг | Доклинические исследования для SLC35; для SLC35F5 - гипотетично |
| Базовое редактирование | Точечная замена нуклеотидов | Коррекция c.745G>A (p.V249M) путем замены G→A | Минимальный риск хромосомных аномалий | Ограничено типами замен | Эксперименты in vitro для других генов; для SLC35F5 - начальная стадия |
| Прайм-редактирование | Вставка корректирующей последовательности | Коррекция нонсенс-мутаций (c.1087C>T) | Универсальность | Низкая эффективность, сложность доставки | Перспективно; исследования на iPSC для других генов |
| Генная терапия (AAV) | Доставка функциональной копии SLC35F5 через AAV | Введение SLC35F5 в печень или нейроны для лечения гипотетических расстройств | Системная доставка, простота | Иммунный ответ, ограниченная емкость AAV | AAV для других SLC35; для SLC35F5 - гипотетично |
| РНК-терапия (ASO) | Антисмысловые олигонуклеотиды для коррекции сплайсинга | Коррекция сплайсинговых дефектов или подавление мутантных аллелей | Высокая специфичность | Краткосрочный эффект | ASO для других генов; для SLC35F5 - экспериментально |
| Эпигенетическое редактирование | Модуляция экспрессии | Снижение экспрессии в опухолях (гепатоцеллюлярная карцинома) | Неинвазивное изменение экспрессии | Временный эффект | Исследования для онкогенов; для SLC35F5 - начальная стадия |
Потенциальные подходы к репарации:
Неврологические или метаболические расстройства (гипотетические):
CRISPR/Cas9:
- Коррекция мутаций в нейронах или гепатоцитах с использованием AAV-доставки (AAV9 для ЦНС, AAV8 для печени).
Генная терапия:
- Введение полноразмерного гена SLC35F5 в печень или нейроны для восстановления гликозилирования.
Базовое редактирование:
- Коррекция миссенс-мутаций (например, p.V249M) в iPSC с последующей дифференцировкой в нейроны или гепатоциты.
Онкология:
- Эпигенетическое редактирование: Снижение экспрессии гена SLC35F5 в опухолях (гепатоцеллюлярная карцинома, рак почки) путем метилирования промотора с использованием CRISPR-dCas9.
- РНК-терапия: siRNA для подавления гена SLC35F5 в раковых клетках.
Проблемы и перспективы:
Неясная роль гена:
- Отсутствие четких ассоциаций с заболеваниями и неизвестный субстрат затрудняют разработку терапии.
Доставка:
- Таргетинг Гольджи или эндоплазматического ретикулума сложен из-за внутриклеточной локализации.
Клиническое применение:
- Репарация для гена SLC35F5 гипотетична; нужны функциональные исследования.
6. Связанные исследования
| Направление | Ключевые выводы | Источник | Год |
|---|---|---|---|
| Функциональные исследования | Ген SLC35F5 предположительно транспортирует нуклеотид-сахара, но субстрат не идентифицирован | Ishida et al., Glycobiology | 2005 |
| Онкология | Повышенная экспрессия гена SLC35F5 в гепатоцеллюлярной карциноме коррелирует с прогрессией | Zhang et al., J Cancer Res Clin Oncol | 2023 |
| Неврология | Пониженная экспрессия гена SLC35F5 гипотетически связана с нарушением гликозилирования в нейронах | Li et al., Mol Neurobiol | 2022 |
| Молекулярные механизмы | Ген SLC35F5, вероятно, действует как антипортер, подобно другим SLC35 | Song et al., J Biol Chem | 2010 |
| Модели животных | Ограниченные данные; мыши с нокаутом Slc35f5 не описаны | Нет данных | - |
| Терапия | Потенциал эпигенетического редактирования в онкологии | Zhang et al., Cancer Res | 2023 |
Примечание:
- Исследований по гену SLC35F5 крайне мало, и они сосредоточены на онкологии и гипотетической роли в гликозилировании.
- Данные о мутациях и заболеваниях, связанных с геном SLC35F5, почти отсутствуют.
7. Ресурсы для базы данных
| Ресурс | Описание | Ссылка |
|---|---|---|
| NCBI Gene | Генетические данные, последовательности | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/80255 |
| GeneCards | Функции, взаимодействия, патологии | https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=SLC35F5 |
| UniProt | Аннотации белка | Q8WV83 |
| OMIM | Нет записи (отсутствие подтвержденных заболеваний) | - |
| The Human Protein Atlas | Экспрессия в тканях | https://www.proteinatlas.org/ENSG00000139060-SLC35F5 |
| ClinVar | Данные о мутациях | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/ |
| PubMed | Научные статьи | PMID: 16147865, PMID: 36103876 |
8. Рекомендации для базы данных
Поля для хранения:
Ген:
- Название, локализация, ID.
Белок:
- Структура, предполагаемая функция, экспрессия.
Мутации:
- Тип, координаты, гипотетические заболевания, наследование.
Репарация ДНК:
- Методы, применимость, статус исследований.
Источники:
- Публикации, базы данных.
Инструменты анализа:
Биоинформатика:
- AlphaFold для структуры белка, ANNOVAR для аннотации VUS.
Секвенирование:
- NGS для скрининга мутаций.
Моделирование:
- CRISPR/Cas9 на клеточных линиях (HEK293, HepG2, iPSC) для функциональных исследований.
Обновление данных:
- Мониторинг PubMed, ClinVar, gnomAD для новых мутаций и функциональных данных.
9. Особенности SLC35F5
- Ген SLC35F5 - один из наименее изученных генов семейства SLC35.
- Субстрат, локализация и роль гена SLC35F5 в патологиях неясны.
- Умеренная экспрессия в печени, почках и мозге делает ген потенциально интересным для исследований в метаболизме и онкологии.
Перспективы исследований:
- Идентификация субстрата (например, UDP-GlcA, GDP-фукоза).
- Исследование мутаций гена SLC35F5 в контексте онкологии (гепатоцеллюлярная карцинома, рак почки) и неврологических расстройств.
- Создание моделей мышей с нокаутом Slc35f5 для изучения фенотипа.
- Биоинформатический анализ для выявления ассоциаций с заболеваниями.
Заключение
Ген SLC35F5 Кодирует предполагаемый нуклеотид-сахарный транспортер, участвующий в гликозилировании в аппарате Гольджи или эндоплазматическом ретикулуме.
Отсутствие четких ассоциаций с моногенными заболеваниями и крайне ограниченные данные о мутациях подчеркивают гипотетический характер его патологической роли, включая онкологию и неврологические расстройства.
Неясность субстрата и локализации гена SLC35F5 затрудняет разработку терапевтических подходов, таких как CRISPR или генная терапия.
Перспективы исследований включают идентификацию субстрата, создание нокаут-моделей и биоинформатический анализ для уточнения функций и клинической значимости гена SLC35F5.